Як вибрати всі елементи підгруп інфоблоків, що належать до будь-якої групи?

Так можна.

Для цього додайте до масиву фільтра ключ

"INCLUDE_SUBSECTIONS"=>"Y"

Наприклад:

$items = GetIBlockElementListEx("news", Array(), Array(), Array("ACTIVE_FROM"=>"DESC", "SORT"=>"ASC", "NAME"=>"DESC"), 10, Array("SECTION_ID"=><id группы G1>, "INCLUDE_SUBSECTIONS"=>"Y"));