Як вибрати підгрупи всіх рівнів інфоблоків, які належать до будь-якої групи?

Так, можна.

Для цього використовуйте у фільтрі властивості LEFT_MARGIN та RIGHT_MARGIN, не задаючи ID батьківської групи:

$sections = GetIBlockSectionList(<<id інфоблоку групи G1>, false, Array(), false, Array("LEFT_MARGIN"=><значення властивості LEFT_MARGIN групи G1>, "RIGHT_MARGIN"=><значення властивості групи RIGHT_MARGING1>));